Từ trước năm 2014 và trong giai đoạn từ 2014 đến 2019, NXB chỉ thu thập báo giá của một số ít nhà thầu cung cấp giấy in. Đáng chú ý, Công ty Cổ phần giấy Phùng Vĩnh Hưng được lựa chọn cung cấp chiếm 83,1% số lượng giấy của NXB, tương ứng số tiền hơn 1.890 tỉ đồng. Kiểm tra xác suất một hợp đồng giấy in cho thấy giá giấy in của công ty này bán cho NXB cao bình quân gấp khoảng 1,7 lần giá giấy công ty này nhập khẩu trực tiếp, tương ứng số tiền chênh lệch hơn 210 tỉ đồng. "Những nội dung này cho thấy việc lựa chọn nhà thầu cung cấp giấy in để sản xuất SGK theo phương thức chào hàng cạnh tranh của NXB có nhiều điểm bất thường, chưa đảm bảo công bằng, minh bạch và hiệu quả kinh tế"- TTCP kết luận. Chiết khấu 25% cho việc phát hành sách giáo khoa Kết luận thanh tra chỉ rõ sai phạm về chi phí phát hành sách giáo khoa (chiết khấu) của Nhà xuất bản, phải thông qua các kênh phát hành đến tay người tiêu dùng qua nhiều bước trung gian nên chưa tiết kiệm được chi phí. Theo đó, tỷ lệ chiết khấu của sách giáo khoa (25%) so với một số mặt hàng độc quyền, thiết yếu khác phải kê khai giá, thì tỷ lệ chiết khấu của sách giáo khoa còn cao, chưa hợp lý. Các công ty con của Nhà xuất bản đã tham gia phát hành sách giáo khoa và được hưởng tỷ lệ chiết khấu 5% giá bìa là chưa hợp lý. "Công ty Cổ phần Sách và Thiết bị Giáo dục miền (Bắc, Trung, Nam, Cửu Long) là đại lý cấp I của Nhà xuất bản (được hưởng 5%); các công ty sách và thiết bị trường học địa phương trong khu vực (là đại lý cấp 2, được hưởng từ 7% - 8%); Các đại lý, cửa hàng sách, các trường học (là đại lý cấp 3, được hưởng từ 12% + 13%). Tổng chiết khấu (chi phí phát hành) là 25% giá bìa, được trừ thẳng trên hoá đơn bán hàng của các Nhà xuất bản giáo dục miền cho đại lý cấp 1", kết luận nêu rõ. Kết quả kiểm tra, xác minh tại NXB cho thấy giai đoạn 2014 - 2018, quá trình xây dựng các gói thầu in SGK, hạch toán của NXB có nhiều sai sót dẫn đến gia đình học sinh phải mua SGK bằng giá NXB đã đăng ký giá từ năm 2011 (được in ấn định trên bìa sách) cao hơn giá SGK phải đăng ký đúng giá với số tiền khoảng trên 85 tỉ đồng. TTCP nhấn mạnh NXB Giáo dục Việt Nam là doanh nghiệp thống lĩnh thị trường, độc quyền biên tập, thiết kế, xuất bản, phát hành, kinh doanh SGK. Qua thanh tra cho thấy NXB có hành vi lạm dụng vị trí thống lĩnh thị trường, lạm dụng vị trí độc quyền bị cấm theo quy định của Luật Cạnh tranh; xây dựng giá để đăng ký sai so với hướng dẫn của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, có dấu hiệu vi phạm quy định về đăng ký giá SGK. Căn cứ kết quả thanh tra, TTCP đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ cho chuyển thông tin 2 nội dung sang Bộ Công an xem xét, xử lý theo quy định. Thứ nhất, nội dung hướng dẫn sử dụng sách bài tập, sách tham khảo có dấu hiệu "lợi ích nhóm" giữa Bộ GD-ĐT là cơ quan quản lý nhà nước với Công ty TNHH MTV Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam trong việc in ấn, phát hành sách bài tập. Thứ hai, nội dung lựa chọn nhà thầu cung cấp giấy in để sản xuất SGK theo phương thức chào hàng cạnh tranh của Công ty TNHH MTV Nhà xuất bản Giáo dục Việt Nam có nhiều dấu hiệu bất thường, chưa đảm bảo công bằng, minh bạch và hiệu quả kinh tế.